我院目前拥有计算机科学与技术、软件工程两个一级学科，设有“计算机科学与技术”、“软件工程”一级学科博士后流动站。二级学科“计算机应用技术”1994年被评为江苏省重点学科，1999年设立教育部长江特聘教授岗，2002年、2007年连续被评选为国家重点学科。“计算机软件与理论”2006年成为江苏省重点学科。本学科以计算机网络及其应用为龙头，在数据库及信息系统、人工智能及其应用、软件理论与方法、图像处理与科学可视化等领域成绩显著，在国内具有重要地位。近年来，在国家985、“双一流”、江苏省优势学科等建设经费的支持下，学院大力推进平台资源建设、创新团队建设和教学科研水平提升，在学科建设方面取得了显著成效。2017年底“计算机科学”ESI学科排名首次进入世界前1‰，计算机科学与技术一级学科2017年成功入选“双一流”国家重点建设学科，软件工程一级学科2018年进入江苏省优势学科立项建设范围。

根据国家战略需求，结合学术发展前沿，本学科在发展中不断凝练，形成如下主要研究方向：未来网络，云计算与大数据，人工智能与机器学习，软件工程与计算机理论，影像科学及图像处理。

未来网络：本学科的传统优势方向，目前主要开展未来网络体系结构、无线移动网络、复杂网络与社会计算等方面的研究。该方向是国内最早从事计算机网络教学和科研的学术团队之一,由计算机网络领域第一位工程院院士、已故东南大学原校长顾冠群教授创建，在高性能计算机网络、分布式计算领域有着深厚的研究积累。目前由中国工程院院士李幼平先生领衔，拥有教育部新世纪人才2人。近年来主要从事双结构未来互联网、可信可控网络、无线移动网络、网络本协议及其形式化等方面的研究，在未来网络方面的研究独树一帜，在本领域有着广泛的影响。

云计算与大数据：本学科的支撑应用方向，目前主要开展云计算与虚拟化、大数据分析与应用、计算机系统结构等方面的研究，拥有教育部跨世纪/新世纪人才2人。该方向紧跟时代脉搏和科技经济发展步伐，与IBM公司联合建立了其在中国高校的唯一一所云计算联合研究中心；深度参与由诺贝尔奖获得者丁肇中教授领导的AMS大型国际合作项目，在云计算支撑技术、大数据存储管理与分析处理技术等方面开展了大量卓有成效的工作。

人工智能与机器学习：本学科的快速发展方向，近年来主要围绕机器学习、数据挖掘、自然语言处理等人工智能核心领域开展研究，拥有国家优秀青年基金获得者2人。团队成员应邀担任《ACM Trans. TIST》、《Journal of Web Semantics》等重要国际期刊编委以及ACML2017、PRICAI2016/2018等重要国际会议程序主席等；相关研究发表于《IEEE Trans. PAMI》、《IEEE Trans. KDE》、IJCAI、AAAI、KDD、CVPR等顶级国际期刊/会议，被国际同行广泛引用；基于自然语言理解、互联网语义分析、知识库构建等方面的研究，与百度、华为、美国通用等公司建立了长期合作关系。

软件工程与计算机理论：本学科的着力突破方向，目前主要开展软件工程理论与实践、服务计算组合与优化、量子计算基础理论等方面的研究，拥有教育部新世纪人才1人。该方向在软件建模分析测试、量子计算理论方面有独到的研究和贡献；发表在Journal of Web Semantics的论文曾经23次入选该期刊“最热门的25篇文章”；设计并实现了国际上第一个WS-CDL 执行引擎，引起国际万维网组织的重视。

影像科学及图像处理：本学科的特色专业方向，目前主要从事医学影像分析、数字图像处理、信息可视化等方面的研究，拥有教育部新世纪人才1人，教育部创新团队1个。该方向将有关理论成果应用于图像描述、模式识别、音频编码等方面，对信号与图像处理领域的发展做出了重要贡献，2012年获得教育部自然科学二等奖；与有关公司合作开发的X射线行李安检系统，打破了安检设备的垄断局面，研发的安检设备成为上海世博会唯一、南京青奥会主要安检设备，并已广泛应用于铁路、地铁以及物流等领域；建有中法生物医学信息研究中心，构建了以科研为载体、研究生联合培养为主线的友好合作关系，取得了丰硕的合作成果。